Endemi
Čovječja ribica
Visovački glavočić
Velebitska gušterica
Hrvatska se može pohvaliti i bogatom špiljskom faunom brojnih podzemnih staništa. Najpoznatiji je špiljski školjkaš na svijetu dinarski špiljski školjkaš, relikt i endem Dinarida.
U Hrvatskoj su zabilježene gotovo sve vrste šišmiša rasprostranjene u Europi, njih nešto više od trideset, a svi su zaštićeni zakonom. Ove vrlo plahe životinje, jedini su sisavci koji mogu aktivno letjeti i iznimno korisne životinje jer se hrane kukcima.
Morske životinje
Jedna od najugroženijih slatkovodnih riba mekousna pastrva, koja nastanjuje čiste i hladne krške vode bogate kisikom, endem je srednjeg i južnog jadranskog slijeva.
Jadransko more odlikuje se velikom bioraznolikošću pa u njemu svoje stanište nalaze zaštićene i rijetke vrste morskih puževa poput puža bačvaša, Tritonove trube i prugaste mitre.
Kitovi i dupini žive u morima i oceanima, ali ih možemo naći i u Jadranskom moru. Razlikujemo različite vrste ovih divnih morskih životinja, a svaka je u Hrvatskoj zaštićena zakonom i u potpunosti je zabranjen bilo kakav lov ili slično ugrožavanje njihovih života.
Procjenjuje se da u Sredozemlju živi oko 200 primjeraka tih životinja. Posljednju su medvjedicu u Jadranu ulovili 1960. blizu otoka Visa.
Koralje s pravom smatramo crvenim blagom Jadrana. Često se čuje da je koralj mineral po skeletu, biljka po izgledu i životinja u stvarnosti. Vrlo su krhki pa ih često uništavaju sidra koja se vuku po dnu mora te bezobzirni ronioci. Radi trgovine koraljima kao suvenirima i nakitom pojedine su vrste, poput crvenog koralja, gotovo iskorijenjene.
Još od 1995. prstac je strogo zaštićena vrsta školjkaša koja se ne smije vaditi iz mora.
U Jadranskom moru žive 220 jedinki dobrog dupina te manji broj jedinki običnog dupina.
